出口企业在内部管理中，应加强储运、业务、财务各环节的协调一致，在使用商品代码时必须做到企业内部同一商品使用统一的商品代码，购进货物的商品计量单位以报关出口时海关商品码的计量单位为标准计量单位，做到进货和出口计量单位一致。
出口企业在申报时使用的商品代码，应以报关单上注明的商品代码为准，若税务总局在原商品代码上进行了扩展，则应使用此商品代码的扩展代码，该码为基本商品代码--在商品代码库中，该商品的基本商品代码标志为星号。
出口企业可在使用的出口退税申报系统中，设置“自用商品”，即将本企业所涉及的商品代码用系统内的“设置自用商品”功能设置成“自用商品”，企业在输入申报明细数据时，可直接检索到本企业所涉及的商品，大大简化商品查找、确定的过程。
对于出口消费税产品的，出口企业必须在取得消费税专用税票后，方可办理消费税的退税，且报关出口时使用的商品代码必须是可退消费税的商品码。
在进行年度间相关业务的处理(例如：进货结转、备案表、来料加工、进料加工等)时，若商品代码或税率发生变化，需根据新年度的新商品税率库进行重新认定，按新商品代码进行数据结转。
关于出口商品代码在退税审核中所产生的疑点及相应的处理方法，请参考中国出口退税咨询网《出口退税从入门到精通立体图书系列》之《外贸企业出口退税从入门到精通》、《生产企业免抵退税从入门到精通》中审核疑点调整部分的相关内容;对于商品税率库所不能涵盖的特殊税率变化情况及控制要求，在税务机关的退税审核中可采用有系统管理员设置“出口退税宏观调控特殊审核条件”的手段进行审核的实时监控，详情请参考《出口退税从入门到精通立体图书系列》之《出口退税管理与监控操作实务》。关于总局下发的出口商品退税率文库的装载、使用方法等相关问题请参考以上教材。
出口企业在办理进出口报关业务及出口退税业务中是如何应用商品代码?举例说明如下：
1.在出口企业进行报关时，须填制海关的出口报关单，关于商品明细内容主要表现为“项号、商品编号、商品名称、规格型号、数量及单位、单价、总价、币制”，其中的商品编码，即为所述的商品代码，商品名称为实际商品名称;
2.出口企业在办理出口退税业务时须根据国家税务总局《出口退税电子化管理办法》的统一要求，进行单证收集、电子数据录入、处理、打印申报表、生成电子数据、装订资料，进行预申报及正式申报，数据的采集是按明细商品进行的，需要按“基本商品代码”(商品码库中最细的商品分类，下文详细描述)进行录入。
